Berbentuk empat persegi panjang yang lebarnya dua pertiga dari panjangnya, berwarna dasar hijau melambangkan perjuangan menegakkan kebenaran, kedamaian, dan pembangunan nasional. Di tengah bendera institut terdapat lambang Institut dan di bawah lambang terdapat tulisan IAIN KUDUS.
Indonesia 
English 
Arabic 
