IAIN Kudus dapat dikatakan satu satunya Perguruan Tinggi Agama Islam Negeri (PTAIN) diwilayah Pantai Utara (Pantura) bagian timur Jawa Tengah yang lokasinya dikelilingi oleh 7 (tujuh) kabupaten yaitu kabupaten Kudus, Kabupaten Jepara, Kabupaten Demak, Kabupaten Pati, Kabupaten Grobogan, Kabupaten Rembang, Kabupaten Blora dan juga kabupaten Tuban Jawa Timur.
Awal mula keberadaan IAIN Kudus diilhami oleh pemikiran dan perjuangan mendakwahkan Islam di wilayah jawa khususnya dan Indonesia umumnya, yang secara umum dapat dikatakan bahwa keberhasilan perlu didukung oleh lembaga pendidikan Tinggi yang memiliki kekhususan pengkajian masalah pengembangan keilmuan dan solusi alternatif masalah masalah umat Islam. memiliki lokasi wilayah geografis tidak dapat terlepas dari sejarah berdirinya Perguruan Tinggi Agama Islam Negeri di Indonesia yaitu Institut Agama Islam Negeri.
Diawali dari perjuangan para raja raja Islam tempo dulu dan perjuangan para wali Allah yang di kenal dengan perjuangan dakwah Islam walisongo menguatkan argumen bahwa di perlukannya berdirinya sebuah lembaga yang kuat untuk mengembangkan epistimologi dan karangka ilmu Islam yang mampu menjawab berbagai tantangan masyarakat Indonesia umumnya dan umat Islam khususnya.
Dilihat dari aspek geografis, IAIN Kudus memiliki dua tokoh pejuang Islam yang memiliki kredibilitas keilmuan, dan moral yang tidak bisa diragukan lagi yaitu Ja'far Shodiq (Sunan Kudus) dan Raden Umar Said (Sunan Muria). Dua tokoh ini memiliki sikap dan perilaku yang layak dijadikan panutan dan inspirasi pengembangan IAIN Kudus. Kedalaman ilmu keislaman, kematangan dalam menghadapi problematika masyarakat, dan kegigihan dalam mendakwahkan Islam patut dicontoh dan menjadi rujukan bagi civitas akademika IAIN Kudus. Kata “Kudus” yang didepan kata IAIN mengandung dua makna yaitu pertama Kudus menandakan nama wilayah atau kota yang terkenal dengan kota kretek dan kota jenang. kedua, Kudus menandakan adanya semangat perjuangan dari dua tokoh Islam yaitu Sunan Kudus dan Sunan Muria.
IAIN Kudus memiliki tiga fungsi yang dinamakan Tri Dharma Perguruan Tinggi yang terdiri dari Pertama, Pendidikan dan pengajaran, kedua, penelitian dan ketiga pengabdian kepada masyarakat. Pendidikan dan pengajaran adalah proses pengembangan keilmuan melalui interaksi antara dosen dan mahasiswa yang dilaksanakan dalam tempat dan kurun waktu yang telah ditentukan. Penelitian adalah proses pengembangan ilmu yang dilakukan seorang dosen ataupun mahasiswa baik perseorangan dan/atau kolektif (bersama-sama) didukung dengan data akurat (valid dan reliabel) yang diperoleh dari lokasi penelitian. Pengabdian kepada masyarakat adalah proses sosialisasi atau implementasi teori kedalam kehidupan masyarakat agar masyarakat memiliki kemampuan menghadapi problematika kehidupannya. Berdasarkan Tri Dharma tersebut, maka IAIN Kudus secara umum memiliki dua peran dan tanggung jawab, yaitu:
- Peran dan tanggung jawab keilmuan; IAIN Kudus harus memiliki komitmen dalam proses pengembangan teori keislaman dan mengaplikasikan teori kedalam kehidupan masyarakat dengan target masyarakat memiliki kemampuan, pengetahuan dan ketrampilan hidup (lifeskill) secara optimal.
- Peran dan tanggung jawab dakwah islamiyah; IAIN Kudus harus memiliki misi menyebarkan dan memperkuat kualitas tauhid bagi masyarakat Islam sehingga masyarakat benar benar memiliki kepribadian Islam secara utuh dan komprehensif.
Bagian dari proses optimalisasi peran dan tanggung jawab, maka IAIN Kudus memiliki visi dan keunggulan ilmu yang bernama Islam Transformatif yaitu pola pikir yang menjadikan kepriabdian civitas akademika lebih humanis, damai, santun dan menjunjung tinggi nilai nilai demokrasi. Nilai nilai Islam tidak cukup hanya di ucapkan (dilesan) saja, tetapi nilai nilai Islam harus mampu diaplikasikan yang akhirnya menjadi filosofi kehidupan (Way of life) bagi semua umat Islam.
Islam Transformatif ditandai dengan tiga pergeseran. Pertama; kesediaan untuk melakukan pergeseran dari teks ke konteks. Kedua, kesediaan untuk melakukan pergeseran dari teori ke aksi, dan ketiga, kesediaan untuk melakukan pergeseran dari kesalehan individual ke kesalehan sosial. Artinya profil umat Islam dan seluruh civitas akademika IAIN Kudus tidak cukup hanya dalam batas teori, tekstual dan kesalehan individual. Tiga sikap itu harus bergeser menuju aksi, konstekstual dan kesalehan sosial.
