Sejarah
Sejarah keberadaan IAIN Kudus dimulai pada bulan Maret 1997 dengan keluarnya Keputusan Presiden Republik Indonesia Nomor 11 Tahun 1997 tentang Pendirian Sekolah Tinggi Agama Islam Negeri. Kemudian disusul dengan Keputusan Menteri Agama Nomor: E/125/1997 tentang Pengangkatan Drs. H. Muslim A. Kadir, MA. sebagai Pjs. Ketua STAIN Kudus dengan tugas yang cukup berat yaitu melanjutkan perjalanan STAIN pada tahapantahapan berikutnya. Selanjutnya disusul Keputusan Menteri Agama Tahun 1997 tentang Struktur Organisasi STAIN Kudus dan SK Menteri Agama Nomor 383 Tahun 1997 tentang Kurikulum STAIN dan secara teknis, keluar Surat Dirjen BINBAGA Islam Departemen Agama RI Nomor: E/136/1997 yang mengatur tentang Alih Status dan Fakultas Daerah menjadi STAIN. Dalam perkembangannya, animo masyarakat semakin besar dan adanya tuntutan regulasi baru, pimpinan STAIN Kudus dengan Ketua Dr. H. Fathul Mufid, M.S.I., mulai tahun 2016 mengajukan proposal perubahan bentuk dari Sekolah Tinggi Agama Islam menjadi Institut Agama Islam Negeri. Setelah melalui proses yang panjang, pada tahun 2018 melalui Peraturan Presiden Nomor 27 Tahun 2018 tanggal 7 April 2018 STAIN Kudus resmi berubah bentuk menjadi Institut Agama Islam Negeri Kudus (IAIN Kudus) dan melalui Keputusan Menteri Agama Republik Indonesia Nomor B.II/3/15450 tanggal 18 April 2018 mengangkat Dr. H. Mundakir, M.Ag. sebagai Rektor IAIN Kudus. Pada Desember 2018, terbit Peraturan Menteri Agama RI No. 33 Tahun 2018 tentang Organisasi dan Tata Kerja IAIN Kudus yang menjadi dasar berdirinya lima Fakultas, yaitu Fakultas Tarbiyah, Fakultas Syariah, Fakultas Ekonomi dan Bisnis Islam, Fakultas Ushuluddin, Fakultas Dakwah dan Komunikasi Islam, serta Pascasarjana. Pada 2 Februari 2019, terbit Peraturan Menteri Agama RI No. 1 Tahun 2019 tentang STATUTA IAIN Kudus yang menjadi dasar tata kelola untuk semua organ kelembagaan IAIN Kudus. Sekarang ini, IAIN Kudus memiliki 5 Fakultas. Fakultas Tarbiyah mengelola 10 prodi, Fakultas Syariah mengelola 2 prodi, Fakultas Ushuludin mengelola 4 prodi, Fakultas Dakwah dan Komunikasi Islam mengelola 5 prodi, Fakultas Ekonmi dan Bisnis Islam mengelola 5 prodi. Pascasarjana mengelola 3 prodi. Jumlah prodi secara keseluruhan ada 29 prodi.